다수의 DNA는 메틸화된 염기를 갖는다. 제한효소 인식서열 내의 염기가 메틸화 되면 염기의 종류 및 위치에 따라서 DNA를 절단할 수 없는 경우가 있다. 다수의 대장균은 2종류의 site-specific DNA methylase, dam methylase (G6mATC) 및 dcm methylase (C5mCWGG)를 갖고 있어, 그 대장균 유래의 DNA는 각각의 해당서열에 메틸화가 일어난다. 특히 포유류 유래의 DNA는 CG methylase (5mCG)에 의해 메틸화가 일어나는 경우가 있다. 여기서는 이러한 메틸화가 제한효소의 활성에 미치는 영향에 대하여 현재까지문헌 등으로 보고된 것을 기재하였다. 또 제한효소의 활성에 영향을 미치는 methylase 및 메틸화로 절단되지 않는 염기서열도 기재하였다.

1) McClelland, M. and Nelson, M. (1993) Nucleic Acids Res. 2 1 , 3139-3154.