´Ý±â
TaKaRa
Á¦Ç°¸í/Á¦Ç°ÄÚµå
Å°¿öµå°Ë»ö
°Ë»ö
´Ý±â
  • °í°´Áö¿ø 
  • ¾÷¹«¾È³»¦¢Á¦Ç°¹®ÀÇ
  • ÀüÈ­¹øÈ£¦¢02-2081-2510
  • Email     ¦¢support@takara.co.kr
  • ´ëÀüÁö»ç 
  • ¾÷¹«¾È³»¦¢´ëÀü/ÃæûÁö¿ª ÁÖ¹®, Á¦Ç°¹®ÀÇ
  • ÀüÈ­¹øÈ£¦¢042-828-6525
  • Email     ¦¢tkbd@takara.co.kr
  • ¾÷¹«½Ã°£¾È³»
  • [ Æò¡¡¡¡ÀÏ ] 09 : 00 ~ 18 : 00 ¦¢ [ Á¡½É½Ã°£ ] 12 : 00 ~ 13 : 00
  • Å䡤ÀÏ¿äÀÏ, °øÈÞÀÏÀº ÈÞ¹«ÀÔ´Ï´Ù.
Home > ÀüÁ¦Ç°º¸±â > Epigenetics > ChIP-seq, Cut&Run-seq (NGS) > [Customer Spotlight] CUT&RUN sequencing

[Customer Spotlight] CUT&RUN sequencing

-

Customer spotlight: profiling transcription factors with CUT&RUN sequencing
                              Date: January 11, 2019                                         Author: Takara Bio Blog Team                                         Categories: NGS


Ææ½Çº£´Ï¾Æ ´ëÇÐÀÇ Ph.D Karl Glastad°¡ NGS Library Á¦ÀÛÀ» À§ÇÏ¿© ´ÙÄ«¶ó¹ÙÀÌ¿ÀÀÇ ThruPLEX¢ç Chemistry¸¦ CUT&RUN ±â¹ý¿¡ Á¢¸ñÇÑ ³»¿ëÀ» ¼Ò°³ÇÕ´Ï´Ù.


ChIP-seqÀÇ ÇÑ°è ±Øº¹
DNA °áÇÕ ´Ü¹éÁú (DNA-binding protein)Àº ¼¼Æ÷ ³»¿¡¼­ ÇʼöÀûÀÌ°í ´Ù¾çÇÑ ¿ªÇÒÀ» ¼öÇàÇÏ°í ÀÖÀ¸¸ç, ÀÌ¿¡ ´ëÇÑ ±Ùº»ÀûÀÎ ¸ÞÄ¿´ÏÁòÀ» ÀÌÇØÇÏ°íÀÚ ÇÏ´Â ¿¬±¸Àڵ鿡°Ô ¸Å¿ì Áß¿äÇÑ ½ÇÇè ÀÚ¿øÀ¸·Î ¿©°ÜÁö°í ÀÖ´Ù. ÀϹÝÀûÀ¸·Î DNA °áÇÕ ´Ü¹éÁúÀÇ »óÈ£ÀÛ¿ëÀ» ºÐ¼®ÇÏ°í ´Ü¹éÁú °áÇÕºÎÀ§ÀÇ À¯ÀüÀÚ¸¦ ±Ô¸íÇϱâ À§ÇÏ¿© ChIP-seqÀ» ÀÌ¿ëÇÑ´Ù. ChIP-seqÀº Â÷¼¼´ë¿°±â¼­¿­ºÐ¼®¹ý (NGS)°ú Å©·Î¸¶Æ¾¸é¿ªÄ§°­¹ý (chromatin immunoprecipitation; ChIP)À» °áÇÕÇÑ ¹æ¹ýÀÌ´Ù. ÇÏÁö¸¸, ChIP-seqÀº »ùÇþç°ú ºÐ¼® Ÿ°ÙÀÇ À¯Çü¿¡ µû¶ó ÇÑ°èÁ¡À» °¡Áö°í ÀÖ´Ù.
ÀÌ¿¡ ¹ÝÇØ, CUT&RUN sequencing (Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease)Àº ChIP-seqÀÇ ÇÑ°èÁ¡À» ±Øº¹ÇÏ¿© ¿¬±¸ÀÚµéÀÌ ´õ ¸¹Àº ¼öÀÇ genome sequence¸¦ ´õ ½±°Ô ºÐ¼®ÇÒ ¼ö ÀÖµµ·Ï °³¼±ÇÑ ºÐ¼® ±â¹ýÀÌ´Ù. ´ÙÄ«¶ó¹ÙÀÌ¿À´Â Ææ½Çº£´Ï¾Æ ´ëÇÐÀÇ Shelley Berger ¿¬±¸¼Ò¿¡¼­ °³¹ÌÀÇ ¿ªÇҺдã (ant castes)ÀÇ ÈļºÀ¯ÀüÇÐÀ» ¿¬±¸ÇÏ´Â ¹Ú»ç ÈÄ ¿¬±¸¿ø, Karl Glastad¿Í ÇÔ²² º» ±â¼ú¿¡ ´ëÇÏ¿© Åä·ÐÇÏ¿´´Ù.


Karl Glastad, PhD

ÇöÀç ´ç½ÅÀÇ ÁßÁ¡ ¿¬±¸´Â ¹«¾ùÀԴϱî?
¿ì¸®´Â °³¹ÌÀÇ ¿ªÇҺдã (Ä«½ºÆ®; caste)À» °áÁ¤ÇÏ´Â ºÐÀÚ¿¡ ´ëÇÑ ¿¬±¸¸¦ ÁøÇàÇÏ°í ÀÖ½À´Ï´Ù. ±¸Ã¼ÀûÀ¸·Î, ¸Å¿ì ¹ÐÁ¢ÇÑ ¿¬°üÀÌ ÀÖ´Â °¢°¢ÀÇ °³¹Ì°¡ ¸Å¿ì ´Ù¸¥ ȯ°æÀû ÀÚ±Ø ÇÏ¿¡¼­ ¾î¶»°Ô ¿ÏÀüÈ÷ ´Ù¸¥ À¯ÇüÀÇ Ç¥ÇöÇüÀ» ¹ßÇöÇÏ´Â Áö¿¡ ´ëÇØ °ü½ÉÀÌ ÀÖ½À´Ï´Ù. ¿ì¸® ¿¬±¸ÀÇ ÁÖ¿ä ÃÊÁ¡ Áß Çϳª´Â ¡®°³¹Ì ¼­½ÄÁö ³»¿¡¼­ ¿ªÇҺдã (Ä«½ºÆ®) °£ÀÇ ±Ø´ÜÀûÀÎ ¼ö¸í Â÷ÀÌ ¿¬±¸¡¯ ÀÔ´Ï´Ù. ¿¹¸¦ µé¾î, ÇϳªÀÇ °³¹Ì °³Ã¼´Â 1³â À̳»·Î »ýÁ¸ÇÏ´Â ¹Ý¸é ±× °³Ã¼ÀÇ ´©ÀÌ´Â 10³â - 20³âÀ» »ýÁ¸ÇÕ´Ï´Ù. ÀÌ·¯ÇÑ °³¹Ì ¿ªÇҺд㠰£ÀÇ ¼ö¸í Â÷ÀÌÀÇ ÁÖ¿ä ¿øÀÎÀº Å©·Î¸¶Æ¾ º¯ÀÌ (differential chromatin modification)¿Í Àü»çÀÎÀÚÀÇ °áÇÕ (transcription factor binding; TF binding)ÀÇ Â÷ÀÌ¿¡¼­ ±âÀÎÇÕ´Ï´Ù.

CUT&RUN ±â¹ýÀº ´ç½ÅÀÇ ¿¬±¸¿¡ ¾î¶»°Ô Àû¿ëµË´Ï±î? º» ±â¹ýÀÌ ±âÁ¸ÀÇ ±â¼ú ´ëºñÇÏ¿© ÁÁÀº Á¡Àº ¹«¾ùÀԴϱî?
°¢ °³¹Ì °³Ã¼ Á¶Á÷ÀÇ ¼¼Æ÷ÀÇ ¾ç (15 - 150,000 cells)Àº ¸Å¿ì Àû±â ¶§¹®¿¡ cross-linking ChIP-seq (X-ChIP)°ú °°Àº ±âÁ¸ÀÇ ¹æ¹ýÀ¸·Î ºÐ¼®ÇÏ´Â °ÍÀº ¾öµÎ¸¦ ³»Áö ¸ø ÇÕ´Ï´Ù. ¹Ý¸é, Native ChIPÀº ÀÌ·¯ÇÑ »ùÇÿ¡¼­ È÷½ºÅæ º¯ÇüÀ» ºÐ¼®ÇÏ´Â µ¥ »ó´çÈ÷ È¿°úÀûÀÌÁö¸¸, Àü»çÀÎÀÚ (transcription factor; TF)¿Í °°Àº ºñÈ÷½ºÅæ Å©·Î¸¶Æ¾ °áÇÕ ´Ü¹éÁú (non-histone chromatin-binding proteins)À» ºÐ¼®ÇÒ ¼ö´Â ¾ø½À´Ï´Ù. ¿ì¸®´Â CUT&RUN ±â¹ýÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© ±âÁ¸ÀÇ X-ChIPÀ¸·Î´Â ºÐ¼®ÀÌ ºÒ°¡´ÉÇß´ø Àü»çÀÎÀÚ (TF)¸¦ ÇÁ·ÎÆÄÀϸµ ÇÒ ¼ö ÀÖ°Ô µÇ¾ú½À´Ï´Ù. °Ô´Ù°¡, °³¹Ì¿¡¼­ X-ChIPÀ¸·Î´Â È®ÀÎÀÌ ºÒ°¡´ÉÇß´ø Æ÷À¯·ù ´Ü¹éÁúÀÇ º¸Á¸¿µ¿ª (conserved region)¿¡ ´ëÇØ »ý¼ºµÈ ¸î °¡ÁöÀÇ Ç×ü°¡ CUT&RUN¿¡¼­´Â Àû¿ëÀÌ °¡´ÉÇÔÀ» È®ÀÎÇÏ¿´½À´Ï´Ù. µû¶ó¼­, ¿ì¸®´Â CUT&RUN ±â¹ýÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© °³¹Ì ³úÀÇ ¿©·¯ Á¾·ùÀÇ Àü»çÀÎÀÚ (TF)¸¦ È®ÀÎÇÒ ¼ö ÀÖ¾úÀ» »Ó¸¸ ¾Æ´Ï¶ó, Æ÷À¯·ù Ç׿ø/´Ü¹éÁú¿¡ ´ëÇØ »ý¼ºµÈ Ç×ü¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¿© ´ë»ó ºÐÀÚÀÇ ·¹ÆÛÅ丮¸¦ È®´ëºÐ¼® ÇÒ ¼ö ÀÖ°Ô µÇ¾ú½À´Ï´Ù.

CUT&RUNÀÇ ¿ø¸®¿¡ ´ëÇØ ¼³¸íÇØÁֽðڽÀ´Ï±î?
±âÁ¸ÀÇ ChIP ±â¹ýÀÌ sonication ¶Ç´Â ÇÙ»êºÐÇØÈ¿¼Ò È°¼º (nuclease activity)À» ÀÌ¿ëÇÏ¿© °Ô³ðÀ» Á¶°¢³½ ÈÄ ¸ñÀû´Ü¹éÁú¿¡ °áÇÕµÈ À¯ÀüÀÚÁÂÀ§ (loci)¸¦ ħ°­½ÃÅ°´Â °Í°ú´Â ´Þ¸®, CUT&RUN ±â¹ýÀº ¼Õ»óµÇÁö ¾ÊÀº ¿ÂÀüÇÑ ¼¼Æ÷ (intact cell) ¶Ç´Â ÇÙ (nuclei) ³»¿¡¼­ Ç×ü¸¦ in situ binding ½ÃŲ ÈÄ, ¸ñÀû ´Ü¹éÁú°ú °áÇÕµÈ DNA¸¦ Àý´ÜÇÕ´Ï´Ù. CUT&RUNÀº Protein A-MNase fusion proteinÀ» ÀÌ¿ëÇϴµ¥, ÀÌ´Â ¸ñÀû ´Ü¹éÁú°ú °áÇÕµÈ DNA¸¸ ƯÀÌÀûÀ¸·Î Àý´ÜÇϹǷΠ¸é¿ªÄ§°­¹ý (immunopreciptation)°ú °°Àº ±âÁ¸ÀÇ ºÐ¼® ¹æ¹ý¿¡¼­ ÈçÈ÷ ¹ß»ýÇÒ ¼ö ÀÖ´Â background¸¦ Å©°Ô °¨¼Ò½Ãų ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù. ¶ÇÇÑ, CUT&RUNÀº ¸é¿ªÇü±¤¹ý(IF)°ú °°ÀÌ ¼Õ»óµÇÁö ¾ÊÀº ¼¼Æ÷ ¶Ç´Â ÇÙ¿¡¼­ ½ÇÇèÀ» ÁøÇàÇϱ⠶§¹®¿¡ ±âÁ¸ÀÇ ChIP¿¡¼­ Àû¿ëÇÒ ¼ö ¾ø¾ú´ø Ç×üµµ È¿°úÀûÀ¸·Î Àû¿ë °¡´ÉÇÕ´Ï´Ù.

±×¸². CUT&RUN-sequencing workflow (Figure by Mannan369, used under CC BY-SA 4.0.)

CUT&RUNÀÌ °¡Àå ÀûÇÕÇÏ°Ô »ç¿ëµÉ ¼ö ÀÖ´Â ºÐ¾ß´Â ¹«¾ùÀԴϱî? ¶§·Î, ChIP-seq°ú °°Àº ±âÁ¸ÀÇ ¹æ½ÄÀÌ ´õ ³ªÀº °æ¿ìµµ ÀÖ½À´Ï±î?
CUT&RUNÀº »ùÇÃÀÇ ¾çÀÌ ¸Å¿ì ÀûÀº °æ¿ì, ¶Ç´Â Ÿ°Ù Ç×ü°¡ ¸é¿ªÇü±¤¹ý (IF)¿¡¼­´Â Àû¿ëÀÌ °¡´ÉÇÏÁö¸¸ ¸é¿ªÄ§Àü (IP)¿¡¼­´Â Àû¿ëÀÌ ºÒ°¡´ÉÇÑ °æ¿ì¿¡ ÀûÇÕÇÕ´Ï´Ù. ¶ÇÇÑ, CUT&RUNÀº Ç¥ÀûƯÀÌÀûÀ¸·Î Àý´ÜÇϱ⠶§¹®¿¡ ±âÁ¸ÀÇ ChIP-seqº¸´Ù background°¡ ÈξÀ ³·½À´Ï´Ù. ÇÏÁö¸¸, CUT&RUN±â¹ýÀº ¾ÆÁ÷ Ãʱ⠰³¹ß ´Ü°èÀ̹ǷΠChIP-seqÀÌ Á¦°øÇÏ´Â Á¤º¸ÇÐÀû, Àü»êÀûÀÎ ÀÚ¿øÀÇ ÀÌ¿ëÀÌ ¾î·Æ½À´Ï´Ù. ¿¹¸¦ µé¾î, CUT&RUNÀÇ normalization controlÀº Á¦ÇÑÀûÀ̸ç, ¼­·Î ´Ù¸¥ Á¶°Ç (ƯÈ÷, binding¿¡ À־ Á¡ÁøÀûÀÎ Â÷ÀÌ°¡ ÀÖ´Â Á¶°Ç)À» ºñ±³ÇÏ´Â °¡Àå ÁÁÀº ¹æ¹ý¿¡ ´ëÇؼ­´Â ¿©ÀüÈ÷ ³íÀÇ ÁßÀÎ »ç¾ÈÀÔ´Ï´Ù. ÇÏÁö¸¸, ÀÌ·¯ÇÑ CUT&RUNÀÇ ÇÑ°èÁ¡Àº ±â¼úÀÌ º¸±ÞµÇ¸é¼­ ±×¸®°í, Á¤º¸ÇÐÀû, Àü»êÇÐÀûÀÎ ÀÚ¿øÀÌ Áõ°¡ÇÔ¿¡ µû¶ó ÇØ°áµÉ ¼ö ÀÖ½À´Ï´Ù.

CUT&RUNÀ¸·Î ºÐ¼®ÇÑ µ¥ÀÌÅ͸¦ º¸¿ÏÇϱâ À§ÇØ ¾î¶² ´Ù¸¥ ½ÇÇè±â¹ýÀ» ÀÌ¿ëÇϽʴϱî?
¿ì¸®´Â RNA-seq, smRNA-seq, hiChIP-seqÀ» ÀÌ¿ëÇÏ¿© loopingÀÇ º¯È­¸¦ È®ÀÎÇÏ°í, ATAC-seqÀ» ÀÌ¿ëÇØ Á¢±Ù¼º¿¡ ´ëÇÑ ±Ùº»ÀûÀÎ º¯È­¸¦ È®ÀÎÇÏ°í ÀÖ½À´Ï´Ù.

¿¬±¸ÀÇ ±Ã±ØÀûÀÎ ¸ñÀûÀº ¹«¾ùÀԴϱî?
°³¹Ì¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¿© Àΰ£ÀÇ ¼ö¸íÀ» ´Ã¸®´Â °ÍÀÔ´Ï´Ù


¡á ±Ø¼Ò·® DNA-seqÀ» À§ÇÑ ThruPLEX¢ç ¿ø¸®
¡á ChIP-seq, CUT&RUN-seq °³¿ä
¡á ThruPLEX¢ç DNA-Seq Kit (Code R400674)
  • High performance from low inputs - ¹Ì·®ÀÇ »ùÇà (50 pg ~ 50 ng)·ÎºÎÅÍ Illumina¢ç library Á¦ÀÛ
  • Fast and simple workflow - Æ©ºê À̵¿ ¾øÀÌ ´ÜÀÏÆ©ºê (single-tube or single-well)¿¡¼­ ¼¼ ¹øÀÇ ½ÇÇè °úÁ¤ (3 step)À¸·Î Á¦ÀÛ ¿Ï·á (library Á¦ÀÛ ½Ã°£: ¾à 2½Ã°£)
  • Compatible with major target enrichment platforms