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NGS FAQ

[FAQ] RNA-seq

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NGS FAQ
RNA-seq FAQ

1. SMARTer NGS Kit를 어떻게 선택해야 할까요?
          Which kit is right for my application?
2. SMARTer NGS Kit 사용 시, RNA 샘플 준비 방법
          RNA sample preparation for SMARTer Ultra low & SMARTer universal kits
3. RNA 추출 없이 세포로부터 바로 direct cDNA 합성하는 방법
          FAQs for cDNA synthesis directly from cells
4. FAQs for SMARTer stranded cDNA synthesis
5. SMARTer Kit로 합성한 cDNA의 quantity와 quality를 분석하는 방법
          How do I analyze the quality and quantity of my cDNA sample?
6. SMARTer Ultra Low Input Kit으로 합성한 cDNA를 sequencing library로 제작하는 방법
          How should sequencing libraries be prepared from cDNA generated with SMARTer Ultra low kits?
7. SMARTer Stranded Kit으로 합성한 cDNA를 sequencing library로 제작하는 방법
          How should sequencing libraries be prepared using SMARTer stranded kits?
8. SMARTer Universal Kit으로 합성한 cDNA를 sequencing library로 제작하는 방법
          How should sequencing libraries be prepared using SMARTer universal kits?
9. Sequencing library 정량
          Why and how should sequencing libraries be quantified?
10. Additional tips and tricks
11. SMARTer Kit을 이용하여 cDNA 합성 시, 고려해야하는 기타 사항은 무엇입니까?
            What are the most common artifacts of cDNA synthesis with SMARTer kits?



Questions about specific SMARTer RNA-seq kits
SMART-Seq Single Cell Kit (SSsc)

(1) SMART-Seq® Single Cell Kit (SSsc Kit)는 UMI를 포함하고 있나요
    Does the SSsc kit include UMIs?


(2) SMART-Seq® Single Cell PLUS Kit을 이용한 library 제작 시, miniaturization이 가능한가요?
    Have you miniaturized the library preparation portion of the PLUS kit?


(3) SSsc kit를 이용해 multiplex가 가능한 세포 수는 어떻게 되나요?
    How many cells can be multiplexed with the SSsc kit?


(4) SSsc kit를 이용해 재현성 있는 결과를 얻으려면 최소 몇 개 이상의 single cell이 필요한나요?
    What is the minimum number of single cells required to achieve a reproducible result with the SSsc kit?


(5) Pseudo-bulk 분석을 위해 FACS로 분류한 30~50개 세포를 하나의 well에서 lysis buffer로 처리한 경우, SSsc와 SSv4 중 어떤 제품을 추천하나요?
    In a pseudo-bulk setup with 30-50 FACS-sorted cells in one well with lysis buffer, would you recommend using the SSsc or SSv4 kit?


(6) mosquito® HV에서 SSv4 실험 과정을 진행하는 경우, 프로토콜이 제공되나요?
   Is there a protocol available for SSv4 on the mosquito HV? If so, how do I obtain this protocol?


(7) SSsc는 single-cell bacterial RNA-seq에 사용될 수 있나요?
   Has SSsc been used for single-cell bacterial RNA-seq?


(8) Lysis buffer는 Gram-positive bacteria 샘플에도 적용될 수 있나요?
   Is there evidence the lysis buffer in the kit can lyse Gram-positive bacteria?


(9) SSsc miniaturization protocol을 적용할 수 있는 기기는 어떤 것이 있나요?
   Which instrument was used for the SSsc miniaturization as shown in
the webinar?

(10) mosquito® HV를 이용해 384 well에서 library를 제작할 때, 각 well에 index primer를 분주하는 과정에서 발생할 수 있는 cross-contamination은 어떻게 방지할 수 있나요?
   Have you done any validation to show if there is any cross-contamination that might occur when dispensing index primers to individual wells for library generation in a 384-well plate using the mosquito HV?


(11) 10x system에 비해 mosquito® system의 장점은 무엇인가요?
   What is the advantage of the mosquito system compared to the 10x system?


(12) seqWell사의 신제품과 비교했을 때, SSsc의 성능은 어떤가요?
   How does the SSsc kit compare to seqWell's new product, which claims improvements over SMART-Seq?



SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing (SSv4)

(1) SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing (SSv4 Kit)에 적용 가능한 샘플의 종류는 어떻게 되나요?
    What are the compatible input samples for the SSv4 kit?


(2) 불순물이 SSv4 kit 효율에 영향을 미치나요?
    What are the impurities that will not affect the SSv4 kit?


(3) 다른 ultra-low input mRNA-seq kit에 비해, SSv4의 강점은 무엇인가요?
    What are the benefits of using the SSv4 kit versus other ultra-low input mRNA-seq kits out on the market?


(4) SSv4 kit의 보관 조건은 어떻게 되나요?
    What is the storage condition of the SSv4 kit?


(5) SSv4는 Ion Torrent sequencing platform과 호환되나요?
    Is SSv4 compatible with Ion Torrent sequencing platform?


(6) SSv4와 함께 사용할 수 있는 RNA 정제 제품은 무엇인가요?
    What are the recommended RNA purification kits for SSv4?


(7) Intact한 mammalian cell에서 direct로 cDNA를 합성할 때, 함께 사용할 수 있는 media는 어떤 것이 있나요?
    What media have been tested for compatibility with direct cDNA synthesis from intact mammalian cells?


(8) Cell에서 바로 cDNA를 합성하기 위해서는 어떻게 cell을 lysis해야 하나요?
    How do I lyse cells for direct cDNA synthesis?


(9) SSv4 사용 시, 샘플 별 reaction buffer 양은 어느 정도로 권장하나요?
    What is the recommended volume of Reaction Buffer for various amounts of cells when using SSv4?


(10) cDNA 합성 전 세포를 동결 보관해도 되나요?
     Can I freeze collected cells prior to cDNA synthesis?


(11) 세포를 회수할 때 reaction buffer를 바로 사용해도 되나요?
     Can I collect cells directly in Reaction Buffer?


(12) SSv4는 얼만큼의 double-stranded (ds) cDNA를 합성할 수 있나요?
     What is the expected double-stranded (ds) cDNA yield for SSv4?


(13) SSv4로 제작한 cDNA는 어떻게 활용할 수 있나요?
     What method should I use to prepare cDNA generated with SSv4?


(14) Library 제작 후 Covaris로 shearing한 cDNA로 제작한 library의 크기는 어떻게 되나요?
     What is the expected size range of Covaris-sheared cDNA after library preparation?


(15) Illumina sequencing을 위해 SSv4로 제작된 cDNA library는 어떻게 pooling해야 하나요?
     How do I pool cDNA libraries generated with the Low Input Library Prep kits for Illumina sequencing?


(16) Nextera XT DNA Sample Preparation Kit를 사용할 때, ds cDNA 150 pg이상을 적용해도 되나요?
     Can I use more than 150 pg of ds cDNA for the Nextera XT DNA Sample Preparation Kit?


(17) ds cDNA 100-150 pg을 Nextera XT DNA Sample Preparation Kit에 적용할 때 scale down을 해야 하나요?
     Do I have to scale down the Nextera XT DNA Sample Preparation Kit protocol when using 100-150 pg of ds cDNA?


(18) Nextera Kits를 이용해 제작한 cDNA library의 크기는 어떻게 되나요?
     What is the expected size range of fragmented, ds cDNA after library preparation with Nextera kits?


(19) qPCR을 이용한 NGS library 정량이 다른 방법보다 더 나은 이유가 무엇인가요?
     Why is quantification of NGS libraries by qPCR better than using other methods?


(20) 추가로 구매해야 하는 제품 중에서 대체 가능한 것이 있나요?
     Can I substitute alternative products for any of the recommended additional materials?


(21) SMARTer kits를 이용해 cDNA를 합성하는 과정에서 가장 많이 확인되는 오류는 무엇인가요?
     What are the most common artifacts of cDNA synthesis with SMARTer kits?




[관련자료]