극소량의 RNA 샘플에서 더 많은 유전자를 탐색하기 위한 최적의 single cell RNA-seq 방법 DATE: December 15, 2021

Single cell RNA-seq 연구를 처음 시작하거나, 기존에 이용중인 방법보다 개선된 방법을 고민한다면, 아래의 내용에 주목!

Single cell RNA-seq 실험에는 cDNA 합성과 library 제작이라는 두 가지 중요한 단계가 있다. 여기 비교 실험에서 두 가지 실험을 모두 수행할 수 있는 당사의 SMART-Seq^® Single Cell PLUS Kit*의 성능을 다른 여러 가지 방법들과 비교하였다.
* SMART-Seq^® Single Cell PLUS Kit는 은 SMART-Seq^® mRNA Single Cell LP로 리뉴얼 되었습니다.

SMART-Seq^® Single Cell PLUS Kit (이하 SSsC PLUS) 내에 포함된 cDNA 합성을 위한 구성품과 가장 널리 사용되는 방법인 Smart-seq2 (SS2) 및 업그레이드 버전인 Smart-seq3 (SS3)의 성능을 비교하였다.
SSsc PLUS Kit에 포함된 SMART-Seq Library Prep Kit (이하 SSlp)는 널리 사용되는 방법인 Illumina Nextera^® XT 방법을 벤치마킹하였다.

배양 세포 (패널 A), primary cell (패널 B), 전체 조직에서 정제한 RNA (패널 C) 등 다양한 샘플을 다양한 양으로 테스트하였다. 또한 널리 사용되는 두 가지 liquid handler인 MANTIS와 mosquito HV를 이용하여 성능을 확인하였고, 데이터는 CogentAP 생물정보학 소프트웨어로 분석하였다.


Workflow diagram from Holcomb et al. J. Biomol. Tech. 32 (2021). Used with permission from Association of Biomolecular Resource Facilities.

이러한 end-to-end 솔루션이 어떻게 자동화 및 소형화와의 호환성을 유지하면서 더 많은 유전자를 검출했는 지 자세히 보려면 "Benchmarking single-cell mRNA-sequencing technologies uncovers differences in sensitivity and reproducibility in cell types with low RNA content" 논문을 참고하세요.

[원문] Which single-cell RNA-seq method detects more genes in cells with low RNA content?