• Flexible workflow: FACS 또는 매뉴얼 방식으로 분리한 단일세포 (single cell)로부터 Illumina^® NGS Library 제작 (MiSeq^® 권장)
• Ease of use: 12개의 library에 96개의 세포를 pooling 가능하므로, single flow-cell lane에서 분석 가능
• Sensitivity: SMART 기술과 RACE 방식을 조합하여 low-abundance TCR 변이체 검출
• Specificity: Human TCRα, TCRβ chain의 V(D)J region의 서열과 정확한 pairing 정보 획득 가능

제품설명

여러 개의 T-cell 샘플 (Bulk T-cell sample)을 한번에 분석하는 것은 T-cell receptor (TCR) repertoire 다양성을 분석하는 데에 도움이 되지만 T-cell의 특정 alpha-beta receptor chain paring을 확인할 수는 없다. TCR의 특이적인 alpha-beta paring은 항원특이성과 연관이 있기 때문에 pairing 정보를 확인하는 것은 항원인식 (antigen recognition)분석, 표적면역요법 (targeted immunotherapy)의 효율적인 TCR 디자인뿐만 아니라 T-cell population의 조상관계를 규명하기 위하여 매우 중요하다. 기존의 단일 T-cell (single T-cell)을 이용하면,
alpha-beta pairing을 확인할 수는 있으나, 대량의 많은 세포를 분석해야 하기 때문에 상당히 비용이 높고 복잡한 분석 과정이 필요했다.
SMARTer^® Human scTCR a/b Profiling Kit (Code 634431)은 SMART™ cDNA 합성기술과 8종류의 unique indexed oligo를 사용하여 manual 방식 또는 FACS 등을 이용하여 분리한
96개의 T-cell을 12개의 NGS sequencing library로 제작할 수 있어 기존 Single T-cell 분석방법의 문제점을 극복하였다. 또한, 96개 샘플을 위한 Multiplexing이 가능하며 이는 하나의 flow cell-lane에서 분석 가능하다.
SMARTer^® Human TCR a/b Profiling Kit (Code 635014) 제품과 마찬가지로, 본 제품은 SMART (Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template) cDNA 합성법과
RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) 방식을 이용하므로, TCR-α, β chain의 가변영역 (variable region (V(D)J))을 특이적으로 선택하여 Illumina^® NGS용 Library를 제작할 수 있다.

* 본 제품을 이용하여 시퀀싱 데이터 분석 시에는 SMARTer™ Human scTCR Demultiplexer 웹페이지를 참조하십시오.


그림 1. SMARTer^® Human scTCR a/b Profiling Kit workflow and pooling strategy
Panel A. SMARTer^® Human scTCR a/b Profiling Kit workflow
Panel B. SMART-Seq Indexed Oligo Master Mix 플레이트 상의 배치. Samples are pooled by column, such that each pool contains eight cells each with a differently indexed SMART-Seq Indexed Oligo. Different combinations of the Forward and Reverse HT indexes are used during PCR 2 to allow multiplexing of the samples into a single flow-cell lane (see the User Manual for more details).


그림 2. Benefits of studying T cells at the single-cell level.
Panel A. alpha chain (TCR-α)과 beta chain (TCR-β)으로 구성된 T-cell receptor의 모식도
Panel B. T-cell 집단 (Bulk T-cells)의 서열 분석 데이터로부터 alpha-beta paring 정보를 알기 어렵다.
Rare clonotypes can allow for assessing the pairing of some cells (clonotypes in orange). However, for the more highly expressed clonotypes (TCRA V2J1, TCRA V1J2, TCRB V3D1J1, TCRB V2D1J2) there are four possible pairing combinations.


그림 3. Analysis of a mixed cell population from a 96-well plate.
Panel A. Cell-type calling based on the identified clonotypes for each well. The seven omitted cells did not have clonotype calls for either TCR-α or TCR-β with read numbers that were above the threshold.
Panel B. Analysis of pairing information. Paired TCR-αβ clonotypes were obtained for 34 cells in the plate.
Panel C. The alpha, beta, or alpha-beta pairing information represented as a percent of cells analyzed. Omitted cells were not included in this analysis.

Application

구성품 (자세한 내용은 CoA를 참조하세요)

보존