cfDNA / cfRNA NGS 분석을 위한 추천 제품
Cell-free Nucleic Acid Sequencing
Cell-free nucleic acid로부터 더 짧은 시간으로, 더 좋은 결과를
액체 생검 (Liquid-biopsy) 분석법 개발의 속도를 높여줄 다카라 추천 제품!
“SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit는 따라하기 매우 쉽고, 간소화된 프로토콜을 가지고 있습니다. 가장 중요한 것은 clean-up 단계가 매우 적다는 것입니다. 우리는 1 ng의 시료로 성공적으로 NGS library를 제작하였습니다.”
Dr. Charlie Massie, UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
[목차]
[Cell-free DNA (cfDNA)]
SMARTer® ThruPLEX® Plasma-Seq Kit for cell-free DNA (cfDNA)
효율적이고 간결한 프로토콜 (streamlined protocol)은 더 적은 양의 샘플로 매우 짧은 hands-on-time을 통해 더 빠른 결과를 얻을 수 있을 뿐만 아니라, 샘플 간, NGS run 및 실험자 간의 오차를 줄일 수 있어, 보다 재현성과 신뢰성이 높은 결과를 제공할 수 있다.
ThruPLEX® DNA-Seq FLEX (Code R400736)는 cell-free DNA, FFPE 분석에 최적화되어 있고, 장점은 아래와 같다.
- Single-tube workflow: Tube transfer와 정제 과정 불필요
- Ultra-fast protocol: 3단계로 약 2시간만에 library 제작 완료
- Ultra-low input: 극소량 (pg수준) fragmented dsDNA만 있으면 제작 가능
- Hard-to-analyze samples: FFPE 유래 DNA, cfDNA 등의 분석에 최적
그림 1. 타사 대비 더 많은 positive variants (양성변이) 검출 가능
Library는 wild-type cfDNA와 5% allele frequency의 변이를 포함한 reference cfDNA를 사용하여, 50 ng 및 5 ng input 조건에서 ThruPLEX
® DNA-Seq FLEX 및 NEBNext Ultra II로 각 3회 반복하여 제작하였다. 타겟 영역은 xGEN Pan Cancer Panel (IDT)를 이용하여 농축 (enrichment)하였다. 3회 반복 실험 중 최소 2회 이상 변이가 검출된 경우, 해당 변이를 양성변이 (positive variant)로 판정하였다.
더 많은 정보를 보시려면,
Technical Note (클릭)를 참조하세요.
[Cell-free RNA (cfRNA)]
SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2-Pico Input Mammalian for cell-free RNA (cfRNA)
Cell-free RNA 분석을 위해서는 민감도 높은 Illumina
®용 stranded NGS library 제작이 필요하며, 이를 위해, 다카라바이오는
SMARTer® Stranded Total RNA-Seq Kit v2-Pico Input Mammalian (이하, Pico v2)를 제공한다. 이 제품은 혈장이나 다른 생체액 (biofluid) 유래의 cell-free RNA (250 pg -10 ng total RNA)를 이용하여 고품질의 stranded NGS library를 6시간 만에 제작할 수 있다. 아래의 데이터는 일반적으로 권장하는 1 ng RNA의 양을 사용하였을 때와 150 pg의 아주 적은 양의 RNA을 사용하였을 때의 데이터로, 본 제품이 얼마나 높은 민감도를 가지는 지를 확인할 수 있다.
더 많은 정보를 보시려면,
Technical Note (클릭)를 참조하세요.
그림 2. Pico v2를 이용한 pico gram 수준의 cell-free RNA 고감도 분석
SMARTer
® Stranded Total RNA-Seq Kit v2-Pico Input Mammalian의 추천하는 RNA input 양은 1 ng이지만, 더 적은 양의 cell-free RNA로 고품질의 NGS library를 감도 있게 제작할 수 있다. 본 데이터는 150 pg과 1 ng을 이용했을 때, Pico v1과 Pico v2의 성능을 비교하였다. Pico v2는 낮은 ribosomal reads, mitochondrial reads 를 나타내었으며, 높은 유전자 검출 수와 보다 향상된 성능을 보였다.
[제품정보]
* ThruPLEX
® DNA-Seq FLEX EF (Code 635101)는 DNA 단편화 효소 (enzymatic fragmentation)를 포함한 제품입니다.
* ThruPELX
® Tag-Seq FLEX (Code R400735)는 Unique molecular identifiers (UMI)가 적용되어 더 정확한 분석이 가능한 제품입니다.
* UDI (Unique Dual Index Kit)는 Illumina NGS sequencer용 library를 제작하기 위한 index primer set로, 표에 명시된 library 제작 kit를 사용하기 위해서 반드시 별도 구매가 필요합니다.
