High fidelity RTase, PrimeScript™ 목적에 따라 선택 가능
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범용적인 사용 |
고품질 cDNA 합성 |
고품질 cDNA 합성(5x premix) |
Real Time PCR전용 cDNA 합성 |
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제품명 |
PrimeScript™ 1st strand cDNA Synthesis Kit |
PrimeScript™ II 1st strand cDNA Synthesis Kit |
PrimeScript™ IV 1st strand cDNA Synthesis Mix |
PrimeScript™ RT reagent Kit (perfect Real Time) |
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특징 |
- High fidelity RTase의 표준 - 강한 displacement, elongation activity - 고차구조 RNA 적용 가능 |
- 악세서리 단백질로 비특이적 신장을 억제해 background를 더욱 줄인 고품질 cDNA 합성 - 길이가 긴 RNA의 full-length cDNA 합성 능력 강화 - 고차구조 RNA에 적용성 강화 |
- 악세서리 단백질을 통한 비특이적 신장 억제 및 고차구조 RNA 적용성 강화
- RNA denaturation 과정을 생략하고 RNA의 손상 없이 더 빠르고 고효율로 full length cDNA 합성
- 5x premix 형태
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- Real Time PCR 전용 cDNA 합성 최적 - 15분의 짧은 반응 시간 |
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고품질 cDNA 합성 |
★★ |
★★★ |
★★★ |
★★ |
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활성 저해 요인 극복 |
★★ |
★★★ |
★★★ |
★★ |
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신장성 |
~ 13.5 kb |
~ 13.5 kb |
~ 13.5 kb |
- |
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반응 온도 |
42℃ |
42℃ |
42 ℃ (50 ℃) |
37℃ |
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42℃ (37℃)의 낮은 반응온도로 RNA template의 손상을 최소화 하면서도 PrimeScript™의 높은 displacement activity와 신장성으로 고차구조나 길이가 긴 RNA 등에서도 background가 낮은 cDNA를 합성할 수 있다. |
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반응 시간 |
30 ~ 60분 |
30 ~ 60분 |
10 ~ 20분 |
15분 |
고성능 high fidelity RTase, PrimeScript™ 시리즈 특징
특징 1. 다양한 길이의 RNA에서 background를 최소화한 고품질의 cDNA 합성 (~ 13.5 kb)
PrimeScript™는 MMLV 유래의 RTase로 강력한 displacement activity와 신장성을 가지고 있다 (그림 1). 따라서, 길이가 길고 구조가 복잡한 RNA도 손상이 적은 낮은 반응온도 (42℃)에서 background를 최소화하여 고품질로 cDNA를 합성할 수 있다 (그림 2).
그림 1. 강력한 displacement activity

PrimeScript™ RTase와 L사의 RTase로 ①과 ②의 조건에서 cDNA를 합성하였다.
그 결과, PrimeScript™ RTase는 oligo dT primer와 specific primer를 동시에 사용한 실험에서도 강한 displacement activity로 목적하는 cDNA를 고효율로 합성하였다.
그림 2. 강력한 elongation activity로 full-length cDNA 합성

PrimeScript™와 시판되는 제품으로 RNA ladder (1, 2, 4.4, 6.4, 8.4, 10, 12)에서 cDNA를 합성하였다. 그 결과 PrimeScript™ RTase는 다양한 길이의 RNA를 background가 낮은 full-length의 cDNA로 합성하였다.
특징 2. 매우 높은 정확도로 에러율이 낮은 cDNA 합성
Reverse transcription은 다양한 실험의 시작단계이기 때문에 RNA 서열을 정확하게 cDNA로 합성하는 것이 중요하다. PrimeScript™는 high fidelity RTase로 cDNA를 정확하게 합성할 수 있기에 이후 cloning이나 sequencing 등에 실험 결과의 신뢰도를 높일 수 있다 (그림 3).
그림 3. 정확한 cDNA 합성 능력

PrimeScript™와 시판되는 제품으로 human placenta 유래 total RNA를 cDNA로 합성하였다. 이후 PrimeSTAR
® HS DNA Polymerase로 증폭하여 cloning하고 sequencing한 결과, PrimeScript™의 error율이 매우 낮은 것이 확인되었다.
특징 3. 고차구조 RNA 또는 GC-rich의 RNA에서도 뛰어난 cDNA 합성
길이가 길거나 구조가 복잡한 반복 구조 (AT rich, GC rich)를 가지고 있는 RNA는 고차구조를 형성하게 되고, 이는 RTase가 cDNA를 합성하는 과정을 저해할 수 있다. PrimeScript™는 RNA에 대한 비특이적 결합을 억제하여, primer가 annealing된 부분에만 결합하는 능력이 최적화 되어, 고차구조의 RNA에서도 합성 저해나, mis-priming 없이 효율적으로 cDNA를 합성할 수 있다. 따라서 고차구조의 RNA (그림 4) 또는 GC-rich의 RNA (그림 5)에서도 background가 낮은 고품질의 cDNA 합성이 가능하다.
그림 4. 고차구조의 RNA에도 뛰어난 cDNA 합성능력

PrimeScript™와 L사의 RT III로 매우 복잡한 고차구조를 가진 28S ribosomal RNA를 (HL 60 유래) 타겟으로 하는 specific primer를 사용하여 각각의 권장조건에서 cDNA를 합성하고, 합성된 cDNA를 동일 조건에서 PCR 증폭 후 결과를 비교하였다. 그 결과 PrimeScript™ 는 42℃의 합성 온도에서도 L사 효소의 50℃ 또는 55℃ 반응보다 고차구조의 RNA에서 뛰어난 cDNA 합성 능력을 가진 것이 확인되었다.
그림 5. GC-rich 서열을 포함한 RNA에서도 뛰어난 cDNA 합성능력

PrimeScript™와 A사의 RTase로 HL60 유래 total RNA를 각각의 권장 조건에서 oligo dT primer로 cDNA를 합성하고, ApoE 유전자 (GC 함량 75%, 520 bp)를 타겟으로 한 PCR 결과를 비교하였다. 그 결과 PrimeScript™가 GC-rich의 RNA에서도 뛰어난 cDNA 합성 능력을 가진 것을 확인되었다.
특징 4. 소량의 샘플도 높은 효율로 cDNA 합성
PrimeScript™는 뛰어난 신장성을 바탕으로 높은 감도와 수율로 cDNA를 합성할 수 있다. 따라서 타겟 RNA의 길이가 길어도, 소량의 샘플에서도 고품질의 cDNA 합성이 가능하다.
그림 6. 신장성이 뛰어나 길이가 긴 cDNA 합성에도 최적

PrimeScript™와 시판되고 있는 제품으로 human heart 유래 total RNA에서 각각의 권장 조건과 oligo dT primer로 cDNA를 합성하고, 이를 Dystrophin 유전자 중 다양한 길이의 (2 kb, 6kb, 12 kb) 서열을 타겟으로 PCR한 결과를 비교하였다. 그 결과, PrimeScript™가 감도와 신장성이 매우 뛰어난 것이 확인 되었다.
악세서리 단백질로 고차구조 RNA에 적용성이 개선된 PrimeScript™ II, PrimeScript™ IV
1. 악세서리 단백질 첨가를 통해 cDNA 합성 저해요인을 극복한 PrimeScript™ II
고차구조 RNA 또는 길이가 긴 RNA를 주형으로 사용하는 경우, 효소의 비특이적 결합, mis-priming에 의한 비특이적 합성 등으로 고품질 cDNA 합성이 저해된다.
PrimeScript™ II 1st strand cDNA Synthesis Kit (Code 6210A)는 PrimeScript™ RTase에 악세서리 단백질을 추가하여 이러한 cDNA 합성 저해요인을 최대한 억제하였다. PrimeScript™ II RTase를 사용하면 손상 걱정이 없는 낮은 반응 온도에서 (42℃) 고품질의 full-length의 cDNA를 합성할 수 있다. 또한 cDNA 합성 저해요인이 최대한 억제되었기에 반응액 조제 후 얼음위에 둔 채로 반응 시작까지 다소 시간이 지연되어도 비 특이적 반응에 의한 영향이 거의 없다.
2. 5x premix 형태로 Quick & Effectve 합성이 가능한 PrimeScript™ IV
PrimeScript™ IV 1st strand cDNA Synthesis Mix (Code 6215A)는 PrimeScript™ II RTase에서 효소가 더욱 개량되어 기존 역전사 반응에서 필요했던 RNA denaturation 과정을 생략하고 15~30분 반응으로 RNA의 손상 없이 더 빠르게 고효율로 cDNA를 합성할 수 있게 되었다. 또한 5x premix의 형태로 제공되어 사용이 더욱 편리하고 저농도의 샘플에서 더욱 효과적으로 cDNA 합성이 가능하게 되었다.
Real Time PCR용 cDNA 합성 PrimeScript™ RT 시리즈
특징 1. Real Time PCR에 이상적인 PrimeScript™ RT 시리즈
Real Time PCR에서는 일반적으로 타겟 서열이 80~150bp (최대 300 bp)으로 짧다. 그렇기에 full-length의 cDNA를 합성하는 대신 Real Time PCR 전용 PrimeScript™ RT를 사용하면, 15분 반응으로 Real Time PCR에서 사용하기에 최적인 cDNA를 합성할 수 있다 (그림 7).
그림 7. Real Time PCR 전용 PrimeScript™ RT 시리즈의 뛰어난 감도, 빠른 합성 속도

PrimeScript™ RT Kit (Code RR036, RR037)와 시판되고 있는 제품들로 다양한 농도의 total RNA (1pg~1㎍, 10 ㎕ 반응)에서 cDNA를 합성한 후 위의 조건에 따라 Real Time PCR을 진행해 linearity (R
2값)와 효소의 효율을 확인했다. 그 결과 PrimeScript™ RT Kit는 15분 반응으로도 저농도에서 고농도까지 모두 높은 linearity (R
2값)를 보였고, 더욱 뛰어난 감도로 cDNA를 합성하였다.
PrimeScript™ 관련제품
PCR, cloning, sequencing 등을 위한 full length cDNA 합성
Real-Time PCR 전용 cDNA 합성