Single Cell RNA-Seq 적용 논문
https://doi.org/10.7171/3fc1f5fe.dbeabb2a
Benchmarking Single-Cell mRNA-Sequencing Technologies Uncovers Dierences in Sensitivity and Reproducibility in Cell Types With Low RNA Content
Ilona Holcomb, Nidhanjali Bansal, Tommy Duong, Paul Babb, Julie Laliberte, Karthikeyan Swaminathan, Hui
Helen Xu, Leigh Ann Melloy, Jerry Hildebrand, Andrew Farmer
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■ Abstract 미리보기
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)은 각 세포를 분류하고 transcriptomic profile을 통해 특별한 세포 타입과 질병 상태를 확인할 수 있다. 이러한 single-cell 연구에서는 각 세포가 가지는 유전자를 민감도 있게 검출해 내는 것이 성공을 좌우하는
가장 큰 요인으로 작용한다. 최근 출시된 SMART-Seq Single Cell PLUS Kit (SSsc PLUS)는 single cell 서열 분석을 위해 주로 사용되는 방법들보다 더 높은 민감도와 재현성 제공한다. 본 연구에서는 SSsc PLUS의 구성품인
SMART-Seq® Single Cell Kit (SSsc)를 이용해 cDNA를 합성하고 가장 많이 사용되는 homebrew protocol인 Smart-seq2와 업데이트 버전인 Smart-seq3를 함께 비교하였다.
SSsc PLUS의 구성품인 SMART-Seq
® Library Prep Kit는 보편적으로 scRNA-seq library 제작에 사용되는 Illumina
® Nextera XT와 같은 방식을 채택하였다. 마지막으로, SSsc chemistry는 2종의 liquidhandler 장비 (MANTIS Liquid Handler, mosquito HV liquid handler)에서
시약 사용량을 1/4로 miniaturization했을 때에도 높은 민감도를 유지하는 것이 확인되었다. 결론적으로, SSsc PLUS는 다른 어떤 full-length 분석 방식과 비교했을 때 편리함, 민감도, 확인되는 유전자 수, 재현성에서 높은 성능을 보여주며, automation platform에도
완전히 호환하여 사용할 수 있다.
■ 논문에서 사용된 Takara 관련 제품 알아보기
SMART-Seq® Single Cell PLUS Kit (SSsc PLUS) (Code R400750)
ㄴ
SMART-Seq® mRNA Single Cell LP (Code 634786외)으로 리뉴얼 (2023년 3월31일)
- SMART® 기술을 이용해 single cell 혹은 10 pg 이하 RNA로부터 Illumina® 분석용 full-length RNA-Seq library 제작
- 전 과정의 시약을 모두 포함한 all-in-one kit
: Single cell lysis - cDNA 합성 - cDNA fragmentation - library 제작
- Homebrew (SS2, SS3 methods) 방식보다 높은 민감도와 재현성 있는 결과 획득
- Liquid-handler 장비 (MANTIS Liquid Handler, mosquito HV liquid handler)를 이용하는 경우, ½, ¼ 조성으로 진행되는 프로토콜 제공
