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[FAQ] Knock-in (Homology-directed repair)


Homology-directed repair FAQs

CRISPR/Cas9 유전자 편집 기술의 적용 중 하나는 Homology-directed repair (HDR) pathway를 이용하여 목적유전자를 정확하게 삽입하거나 대체하는 것입니다. Site-specific knock-in을 조절하기 위한 접근 방법이 매우 다양하게 개발되고 있지만, Knock-in 유전자 편집의 효율은 목적생물 (target organism), 세포유형 (cell type), 게놈 위치 (genome locus), DNA 주형 (DNA template)에 따라 크게 달라질 수 있다고 알려져 있습니다. 다카라바이오의 R&D 팀은 HDR을 사용한 유전자 편집의 성공률을 극대화하기 위해 다음과 같이 FAQ를 요약하였습니다. 다카라바이오와 함께 CRISPR 유전자 편집의 성공률을 올리세요!

Q1. How do I design my HDR template?
Q2. What are the advantages and disadvantages of using single-stranded vs. double-stranded HDR templates for engineering gene knockins?
Q3. How do ssODNs differ from ssDNA? When is it better to use one vs. the other?
Q4. With ssODN or ssDNA, is it advantageous to use HDR templates that are homologous to the sense or antisense strand at the genomic target region?
Q5. What are optimal lengths for HDR template homology arms?
Q6. Is it helpful to use HDR templates that introduce silent mutations in the PAM sequence or sgRNA seeding region?
Q7. Does the HDR insertion site need to be directly next to the PAM?
Q8. What are the effects of chromatin configuration on HDR efficiency?
Q9. What are additional methods for improving HDR efficiency?
Q10. How can I increase the frequencies of edited clones with only one modified allele and the other one encoding the wild-type sequence?