cfDNA / cfRNA NGS 분석을 위한 추천 제품

Cell-free Nucleic Acid Sequencing

Cell-free nucleic acid로부터 더 짧은 시간으로, 더 좋은 결과를
액체 생검 (Liquid-biopsy) 분석법 개발의 속도를 높여줄 다카라 추천 제품!


[목차]

• DNA sequencing
• RNA sequencing

[Cell-free DNA (cfDNA)]
SMARTer^® ThruPLEX^® Plasma-Seq Kit for cell-free DNA (cfDNA)
효율적이고 간결한 프로토콜 (streamlined protocol)은 더 적은 양의 샘플로 매우 짧은 hands-on-time을 통해 더 빠른 결과를 얻을 수 있을 뿐만 아니라, 샘플 간, NGS run 및 실험자 간의 오차를 줄일 수 있어, 보다 재현성과 신뢰성이 높은 결과를 제공할 수 있다.

ThruPLEX^® DNA-Seq FLEX (Code R400736)는 cell-free DNA, FFPE 분석에 최적화되어 있고, 장점은 아래와 같다.

• Single-tube workflow: Tube transfer와 정제 과정 불필요
• Ultra-fast protocol: 3단계로 약 2시간만에 library 제작 완료
• Ultra-low input: 극소량 (pg수준) fragmented dsDNA만 있으면 제작 가능
• Hard-to-analyze samples: FFPE 유래 DNA, cfDNA 등의 분석에 최적

그림 1. 타사 대비 더 많은 positive variants (양성변이) 검출 가능
Library는 wild-type cfDNA와 5% allele frequency의 변이를 포함한 reference cfDNA를 사용하여, 50 ng 및 5 ng input 조건에서 ThruPLEX^® DNA-Seq FLEX 및 NEBNext Ultra II로 각 3회 반복하여 제작하였다. 타겟 영역은 xGEN Pan Cancer Panel (IDT)를 이용하여 농축 (enrichment)하였다. 3회 반복 실험 중 최소 2회 이상 변이가 검출된 경우, 해당 변이를 양성변이 (positive variant)로 판정하였다.

더 많은 정보를 보시려면, Technical Note (클릭)를 참조하세요.

[Cell-free RNA (cfRNA)]
SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit v2-Pico Input Mammalian for cell-free RNA (cfRNA)

Cell-free RNA 분석을 위해서는 민감도 높은 Illumina^®용 stranded NGS library 제작이 필요하며, 이를 위해, 다카라바이오는 SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit v2-Pico Input Mammalian (이하, Pico v2)를 제공한다. 이 제품은 혈장이나 다른 생체액 (biofluid) 유래의 cell-free RNA (250 pg -10 ng total RNA)를 이용하여 고품질의 stranded NGS library를 6시간 만에 제작할 수 있다. 아래의 데이터는 일반적으로 권장하는 1 ng RNA의 양을 사용하였을 때와 150 pg의 아주 적은 양의 RNA을 사용하였을 때의 데이터로, 본 제품이 얼마나 높은 민감도를 가지는 지를 확인할 수 있다.

더 많은 정보를 보시려면, Technical Note (클릭)를 참조하세요.



그림 2. Pico v2를 이용한 pico gram 수준의 cell-free RNA 고감도 분석
SMARTer^® Stranded Total RNA-Seq Kit v2-Pico Input Mammalian의 추천하는 RNA input 양은 1 ng이지만, 더 적은 양의 cell-free RNA로 고품질의 NGS library를 감도 있게 제작할 수 있다. 본 데이터는 150 pg과 1 ng을 이용했을 때, Pico v1과 Pico v2의 성능을 비교하였다. Pico v2는 낮은 ribosomal reads, mitochondrial reads 를 나타내었으며, 높은 유전자 검출 수와 보다 향상된 성능을 보였다.

[제품정보]

분류	Code	제품명	용량
Cell-free DNA 분석	R400736	ThruPLEX® DNA-Seq FLEX	96회
	635101	ThruPLEX® DNA-Seq FLEX EF*	96회
	R400735	ThruPLEX® Tag-Seq FLEX*	96회
Cell-free RNA 분석	634357	SMART-Seq® Total RNA Library Prep with ZapR® Depletion	24회
	634354	SMART-Seq® Total RNA Library Prep with ZapR® Depletion (with UMIs)	24회
*UDI	634756 외	Unique Dual Index Kit	24회, 96회

* ThruPLEX^® DNA-Seq FLEX EF (Code 635101)는 DNA 단편화 효소 (enzymatic fragmentation)를 포함한 제품입니다.
* ThruPELX^® Tag-Seq FLEX (Code R400735)는 Unique molecular identifiers (UMI)가 적용되어 더 정확한 분석이 가능한 제품입니다.
* UDI (Unique Dual Index Kit)는 Illumina NGS sequencer용 library를 제작하기 위한 index primer set로, 표에 명시된 library 제작 kit를 사용하기 위해서 반드시 별도 구매가 필요합니다.