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circRNA 농축 및 정제 시 사용

RNase R

제조사	제품코드	제품명	용량	가격 (부가세별도)	비고	사용자매뉴얼
Takara	2153A	RNase R	1,000 U	312,800원 ~~391,000원~~	09.01 ~ 10.30

Product index

in vitro transcription

IVT를 통한 circRNA 합성 시, linear RNA만 효율적으로 분해
circRNA 샘플 내의 linear RNA 선택적 제거
NGS 또는 qPCR 분석의 전처리 단계로 circRNA 농축 시 사용

제품설명

본 제품은 linear RNA만 효율적으로 분해하는 3’→5’ exoribonuclease이다. 이 효소는 고리형 (circular) 또는 올가미 (lariat) 구조의 RNA는 분해할 수 없어, circular RNA (circRNA) 및 올가미 구조의 RNA 농축 및 정제 단계에 사용할 수 있다.

Lane	RNase R	효소량/기질RNA량
No enzyme	-	0 U/1 ㎍
1	Takara	20 U/1 ㎍
2	A사
3	B사
4	C사
5	Takara	20 U/5 ㎍ (4 U/1 ㎍)
6	A사
7	B사
8	C사

그림 1. RNase R의 linear RNA 분해능
Linear RNA와 circRNA가 1:1 비율로 혼합된 기질 (1 ㎍ 또는 5 ㎍)을 사용하여 본 제품과 타사 RNase R의 분해능을 평가하였다. 각 반응은 20 ㎕ 반응계에서 각각의 RNase R을 20 U 첨가한 뒤, 37 ℃에서 15분간 반응시켰고, 이후 agarose gel 전기영동을 통해 분석하였다.
그 결과, 본 제품은 circRNA는 분해하지 않고 linear RNA만 선택적으로 분해하는 특이성을 나타냈으며, 효소량을 5분의 1 (4 U)로 줄인 조건에서도 동일한 수준의 linear RNA 분해 활성을 보여주었다.

용도

1. circRNA 합성 후 시료 내 linear RNA 제거
2. NGS 및 qPCR 분석 전 circRNA 농축 시 사용

보관온도

－20 ℃

기원

Escherichia coli carrying a plasmid that encodes the gene for RNase R^＊
^＊ 이 효소는 N말단에 His-tag가 부착

일반적 특성

분자량: 약 93 kDa

활성의 정의

37℃에서 10분 동안 10 ㎍의 poly-r(A)를 acid-soluble nucleotide로 변환하는 효소량을 1 U로 정의.

비활성화 조건

60℃, 10분

활성 측정용 반응액 조성

1×	10×RNase R Reaction Buffer
60 ㎍/반응당	Poly-r(A)

최적 조건 반응 조건

시약	사용량	최종 농도
Nuclease-free water	x ㎕
RNA^*1	5 ㎍	0.25 ㎍/㎕
10×RNase R Reaction Buffer (10x)	2 ㎕	1 ×
RNase R (20 U/㎕)	1 ㎕^*2	1 U/㎕
Total	20 ㎕

37 ℃에서 15~30분간 반응
^*1 RNase R로 RNA를 분해하기 위해서는7 nt 이상의 3’ overhang이 필요하다.
^*2 RNase R을 과량으로 첨가 시 circRNA가 분해될 수 있어, circRNA 분해가 관찰될 경우 효소의 사용량을 줄여야 한다.

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Keyword :

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