닫기
TaKaRa
로그인  |   회원가입  |   ID/PW 찾기   |  제품상담문의  
제품명/제품코드
키워드검색
검색
닫기
  • 고객지원센터 
  • 업무안내│학술지원
  • 전화번호│02-2081-2510
  • Email     │support@takara.co.kr
  • 대전지사 
  • 업무안내│대전/충청지역 주문, 학술지원
  • 전화번호│042-828-6525
  • Email     │tkbd@takara.co.kr
  • 업무시간안내
  • [ 평  일 ] 09 : 00 ~ 18 : 00 │ [ 점심시간 ] 12 : 00 ~ 13 : 00
  • 토·일요일, 공휴일은 휴무입니다.
Home > 전제품보기 > NGS 관련 > mRNA-Seq (Single cell) > 극소량 mRNA의 3’ 말단의 서열 분석 (SSv4-DE)
3’ Differential Expression (DE) 분석을 High-throughput으로

극소량 mRNA의 3’ 말단의 서열 분석 (SSv4-DE)

-

제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)
비고 사용자매뉴얼
Clontech
635040
SMART-Seq® v4 3' DE Kit
관련학술 구매하기 라이선스 
96회
6,170,400원 
7,713,000원
가격할인
11.01 ~ 12.17
제조사 페이지로 바로가기
x33066
Clontech
635041
SMART-Seq® v4 3' DE Kit
관련학술 구매하기 라이선스 
192회
11,468,000원 
14,335,000원
가격할인
11.01 ~ 12.17
제조사 페이지로 바로가기

  • SMART-Seq® v4 기반으로 single-cell 또는 10pg의 극소량 total RNA 적용
  • 전사체의 3’ 말단만 특이적으로 분석하여 합리적인 가격으로 High-throughput Differential Expression (DE) 분석 가능
  • 최대 12 Multiplexing Illumina® Library 제작 가능
최상의 결과를 보장하는 SMART 기술
단일세포 (Single cell) 전사체 분석은 ‘세포집단 (cell population) 내에서 각각의 세포의 어떤 유전자 발현율을 보이는지’ 를 이해하는 데 중요하다. SMART-Seq® v4 3’ DE Kit는 단일세포 유래의 mRNA의 3’ 말단의 서열 정보를 얻을 수 있어 유전자 발현차이 분석 (Differential gene Expression (DE) analysis)에 최적이다. 본 제품은 SMART®법과 Locked Nucleic Acid (LNA) 기술을 응용한 SMART-Seq® v4 키트의 특징을 도입하였다.
mRNA의 3’ 말단만 집중적으로 서열을 분석 가능하며, 본 제품 내 Read2의 바코드로 인식, 사용할 수 있는 In-line 인덱스가 포함되기 때문에 샘플까지 Multiplexing NGS Library를 제작 및 분석이 가능하다. 1 ~ 10.5ul의 RNA volume을 적용 가능하며 제작된 cDNA는 Illumina Nextera® XT DNA Library Preparation Kit*1를 이용하여 NGS Library 제작*2이 가능하다. 본 제품을 사용하여 제작된 NGS Library는 Illumina® HiSeq®, NextSeq®*3, MiSeq®, and MiniSeq™*3에 적용할 수 있다.

*1: Fragmentation과 Tagging 과정을 위해 Nextera® XT DNA Library Preparation Kit가 별도 필요
*2: Library index는 이론적으로 최대 1,152 (=12 x 96)개까지 가능
*3: NextSeq®, MiniSeq™ 시퀀서로 시퀀싱분석을 적용할 경우, 샘플에 Control DNA (PhiX) 추가 필요


그림 1. SMART-Seq® v4 3' DE Kit를 이용한 cDNA 합성과 Library 제작
cDNA (black) is synthesized with a blocked (black star) and modified oligo(dT) primer that adds sequences for subsequent amplification and analysis-an in-line index (magenta), part of the Illumina read primer 2 sequence (RP2, yellow), and the SMART IIA sequence (green). The SMART IIA sequence is used as a priming site during cDNA amplification, the Illumina RP2 sequence is used as a priming site during library amplification, and the in-line index is used for demultiplexing pooled samples during analysis. The process works as follows: first, the template for SMARTScribe reverse transcriptase switches from the mRNA (blue wavy line) to the SMART-Seq v4 Oligonucleotide (green). After reverse transcription, the full-length cDNA is amplified by PCR with blocked Primer IIA oligonucleotides. After cDNA amplification, the presence of the in-line index (magenta) allows for pooling of up to 12 samples. The pooled samples are tagmented and Illumina Nextera read primer 1 and 2 sequences are added by the Nextera Tn5 transposon (TnRP1 and TnRP2, orange and purple respectively). The 3' ends of the original mRNA are captured by selective PCR with primers for the TnRP1 and RP2 sequences. Other products of the transposon-based reaction are not amplified, either because there are no primer sites for amplification or because of suppression PCR. Cluster generation (pink and dark purple) and indexing sequences (light blue and dark blue) are added during this PCR stage to generate a library ready for sequencing on an Illumina platform.

Sample ID

Pool

In-line Indexes

i1

i2

i3

i4

i5

i6

i7

i8

i9

i10

i11

i12

mtRNA(%)

3.3

3.1

3.6

1.7

3.9

4.1

1.8

2.5

2.8

5.5

4.1

2.7

4.8

rRNA(%)

0.6

1.2

0.7

1.1

0.4

0.4

0.3

0.3

0.7

1.2

0.5

0.1

0.6

Uniquely mapped reads(%)

69

68

68

70

68

71

71

72

68

69

69

74

69

Total mapped reads(%)

97

96

98

97

97

98

98

98

96

97

96

98

98

Number of reads(M)

21.6

2.3

5

1.3

2.2

2

1.9

0.8

1.3

0.6

0.2

1.5

1.6


표 1. K562 single cell로부터 제작된 pooled library의 mapping read (%)
K562 cells were diluted to one cell/μl in PBS buffer and twelve single cells were isolated, checked via optical microscopy, lysed, and subjected to cDNA synthesis. The pooled libraries were sequenced on an Illumina MiSeq instrument with 47 bp for read 1 and 26 bp for read 2. The pooled libraries were demultiplexed based on the in-line barcode sequence from read 2. All libraries were mapped with STAR v.2.3.0.1 (Dobin et al. 2013) against the human genome (hg19). The reads map to the genome at a high rate (>96%) with a small proportion mapping to rRNA or mitochondrial (mt) regions.
Applications
cDNA synthesis for end-capture mRNA-seq for differential expression analysis of single cells.
구성품 (자세한 내용은 CoA를 참조하세요)
SMART-Seq v4 3' DE Kit Components
SeqAmp™ DNA Polymerase

Keyword : Single cell,단일세포,싱글셀,single cell analysis,single cell NGS,targeted sequencing,3'DE,3' DE,DE,differential expression,mRNA,mRNA-seq,cDNA,cDNA-seq,NGS,Next Generation Sequencing,SMART,,smart-seq,Rubicon,루비콘

mRNA-Seq (Single cell)
>
Single cell 전용으로, 최고의 감도 및 성능으..
Single cell RNA-seq에 최적인 SMART-Seq® Single Cell Kit
>
수많은 Citation이 증명하는 극소량 샘플 분석 ..
극소량 샘플(pg 수준)을 위한 mRNA-Seq (SSv4) NEW!
>
SSv4 기반, High-throughput mRNA-seq 분석
다량의 극소량 샘플을 이용한 분석 (SSv4-HT)
>
3’ Differential Expression (DE) 분석을 High..
극소량 mRNA의 3’ 말단의 서열 분석 (SSv4-DE)