• FFPE 샘플과 같이 분석이 어려운 샘플에 최적 - 다양한 품질의 200 ng-1 μg human RNA (RIN ≥4, DV200 ≥40%)
• 높은 편리성과 효율성 - 하나의 kit로 human TCR & BCR 각각 또는 동시에 분석 가능
• 폭넓은 immune profiling 결과 - 모든 TCR chain (TRA, TRB, TRG, TRD) 및 BCR chain (IgG, IgM, IgA, IgD, IgE, IgK, IgL)의 CDR3 서열 분석 가능
• 높은 분석 정확도 - UDI 적용으로 index hopping 방지, UMIs 적용으로 PCR bias 및 sequencing error 보정

제품설명

MaxiSeq™ Human FFPE TCR+BCR (with UMIs)는 human FFPE RNA로부터 TCR 및 BCR 서열에 대한 Illumina용 library를 제작할 수 있다. 본 제품은 간소화된 워크플로우를 통해 200 ng-1 μg의 FFPE RNA에서 human TCR chain (TRA, TRB, TRG, TRD)와 BCR heavy chain (IgG, IgM, IgA, IgD, and IgE) 및 light chain (IgK and IgL)의 CDR3 서열을 분석할 수 있다.
(※TCR 및 BCR의 full-length V(D)J variable region 서열 분석은 SMART-Seq^® 제품 추천: Human TCR Kit, Human BCR Kit)

본 제품은 낮은 품질의 RNA (RIN ≥4, DV200 ≥40%), 특히 FFPE 샘플과 같이 고정된 조직 내 RNA로부터 고품질의 library를 제작할 수 있다. 또한 Unique Molecular Identifiers (UMIs)가 적용되어 PCR bias 및 sequencing error로부터 파생된 read를 제거하고 데이터의 정확도를 향상시킬 수 있다. 제품 내 Unique Dual Index plate가 포함되어 index hopping 방지뿐만 아니라 최대 96개의 multiplexing이 가능하다. (Indexes & Plate Map 다운로드)


그림 1. MaxiSeq™ Human FFPE TCR+BCR (with UMIs) workflow


그림 2. Renal cell carcinoma FFPE 조직 유래 RNA로부터 고품질 immune profiling library 제작
MaxiSeq™ Human FFPE TCR+BCR (with UMIs)를 이용하여 Renal cell carcinoma FFPE 조직 유래 200 ng의 RNA로부터 고품질 library를 제작하였다. Penal A. H&E staining 결과. Panel B. 검출된 TCR clonotype 수. Penal C. FFPE 조직 유래 RNA로부터 높은 재현성의 library 시퀀싱 결과.


그림 3. Tumor-Infiltrating Lymphocytes (TILs)의 BCR clonotype profiling 분석 결과
MaxiSeq™ Human FFPE TCR+BCR (with UMIs)를 이용하여 서로 다른 두 개의 FFPE TILs sample로부터 BCR clonotype profiling 분석 결과. Panel A&B. Sample 2에서 더 많은 BCR clonotype 검출되었으며, 이는 lymphocytes 함량이 높기 때문이다. Panel C&D. 각 sample에 대한 반복실험의 상관관계는 >0.96 (R2)로 높은 재현성을 확인하였다. 또한 두 반복실험 결과를 비교하였을 때, clonotype 다양성이 높아 replicate 간의 중복이 낮은 것을 확인하였다. (Jaccard index=0.38~0.47)

내용

보존

적용 어플리케이션 분야

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