※ 변경사항
‘SMART-Seq
® mRNA LP’와 ‘SMART-Seq
® mRNA’는 각각 ‘SMART-Seq
® v4 PLUS’와 ‘SMART-Seq
® v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing’의 동일제품으로, 제품명 변경 및 제품간 구성품 종류를 통일하고 반응 당 단가를 인하하였습니다
자세한 내용은 다음 안내페이지를 참고하세요! 제품 선택이 쉬워집니다.
>> RNA-Seq
제품명이 이렇게 바뀝니다
※ 업데이트 내용
아래의 업데이트 사항은 실험과정이나 제품 효율에 영향이 없습니다.
- Total RNA Input range가 10 pg-10 ng에서 10 pg-100 ng로 확장
- SeqAmp PCR buffer대신 SeqAmp CB PCR buffer로 제공되어, DNA cleanup 과정의 bead pelleting과 resuspension 향상
- 제품사용 유연성을 위해 index가 kit에 포함되어 있지 않으며, 별도로 구매가 가능 >> 호환되는 Unique Dual Index kits
- Afa I, 10X Afa I Buffer, 0.1% BSA 미제공 (실험과정 중 필요하지 않음)
- 10 pg 수준의 극소량 total RNA에도 적용 가능
- Unparalleled sensitivity and reproducibility
- Single-tube workflows - cDNA 합성부터 library 제작 과정을 각각 single tube에서 진행할 수 있어, 샘플 손실이나 오염 등 실험 과정에서 발생할 수 있는 오류 최소화
- High-quality RNA-seq data - total RNA로부터 가장 많은 수의 유전자 분석
- Increase your sequencing power– 많은 수의 샘플을 한번에 분석 시, Unique dual index (UDI)를 사용하여 index hoping 없이 multiplexing 분석이 가능
- High library yield - 높은 yield의 library를 제작할 수 있어,NovaSeq™ system과 같은 high-throughput sequencer에 적용하거나, 다회분석이 가능
제품설명
SMART-Seq® mRNA 제품을 이용하면, 10 pg–100 ng total RNA 또는 1-1,000개의 세포에서 RNA 추출 과정 없이, oligo(dT) primer를 이용한 고품질의 full-length cDNA를 제조할 수 있다.
본 제품은 SMART® (Switching Mechanism at 5' End of RNA Template) 기술에 Locked Nucleic Acid (LNA) 기술을 접목함으로써 template switching의 효율을 더욱 향상시켰다 (그림1). 따라서, 이전 세대의 제품보다 더욱 많은 수의 유전자를 검출할 수 있어 전반적인 전사체 연구 (full transcriptome analysis)에 있어 매우 유용하다. SMART-Seq® mRNA는 높은 재현성과 gene-body coverage 뿐 아니라 GC-rich 전사체도 정확하게 cDNA로 합성할 수 있다.
SMART-Seq mRNA® LP에 포함되어 있는 library preparation kit는 enzymatic fragmentation와 stem-loop adaptor로 2시간 내에 single tube에서 별도의 purification 과정 없이 NGS library까지 제작할 수 있다. 따라서 샘플 손실이나 오염 등 실험 과정에서 발생할 수 있는 오류를 최소화할 수 있다.
이 과정을 통해 제작된 library는 SMART-Seq2 등 기존 방법 및 당사 기존 제품 (SMART-Seq® v3)에 비해 재현성이 높고, 훨씬 우수할 뿐 아니라, 높은 yield로 제작되어 high-throughput sequencer에 적용하거나, 한번의 반응으로 여러 차례 반복 분석이 가능하다. 또한 기존 제품인 SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing, SMART-Seq® v4 PLUS Kit 만큼의 높은 감도를 가진다.
SMART-Seq mRNA LP (with UMIs)는 SMART® 방법으로 oligo에 Unique Molecular Identifiers (UMI)s를 부가함으로써 PCR errors, duplicates, amplification biases를 보정한다.
SMART-Seq mRNA® LP, SMART-Seq® mRNA LP (with UMIs)는 샘플에서 cDNA 합성, library prep및 무료 Cogent NGS 생물정보학 파이프라인을 통한 데이터 분석에 이르기까지 end-to-end solution을 제공한다.
Cogent NGS 소프트웨어는 아래 페이지에서 다운로드 받을 수 있다.
Cogent NGS Discovery Software(takarabio.com)
Cogent NGS Analysis Pipeline(takarabio.com)
그림 1. SMART기술을 이용한 cDNA 합성 과정
그림2. SMART-Seq mRNA® LP를 이용한 Single tube library prep 워크플로우
Library prep 과정에 UDI (Unique Dual Index) kit (Code 634752 외, 별도 판매)를 함께 사용하면 최대 384개의 multiplexed Illumina-ready sequencing libraries를 생성할 수 있다. 본 제품은 high-throughput 샘플 처리용 liquid handlers를 위한 사용량 최적화 (miniaturization) 및 자동화 (automation) 에도 호환된다. Degraded samples에 적용할 수 있는 random priming 방법을 선호할 경우, Stranded total RNA-Seq kit (Code 634485 외)를 권장한다.
그림3. Unique Molecular Identifier (UMI)를 탑재한 SMART® 법의 cDNA 합성 워크플로우 SMART-Seq® mRNA LP (with UMIs) 제품을 사용시, UMIs 부가로 정확도와 신뢰도를 더 높일 수 있다.
그림4. Single-tube 반응을 통한 간편한 library perp
그림5. CongentDS 웹 인터페이스의 UMAP 분석 차트 예시. Chart display를 수정하기 위한 user control이 scatterplot 결과와 함께 보여진다.
적용
극소량 샘플로부터 full-length transcriptome 분석 (transcript isoforms, gene fusions, point mutations 등)을 위해, cDNA 합성 과정에서 사용할 수 있다 (SMART-Seq mRNA 이용).
SMART-Seq® mRNA로 합성한 cDNA는 SMART-Seq® Library Prep kit (SMART-Seq® mRNA LP 내 포함, 별도 구매 불가)를 이용하여 Illumina® 분석용 sequencing library로 제작할 수 있다.
Components & Storage Conditions
각 제품 구성물과 보관조건은 Certificate of Analysis를 참조하십시오.
