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Home > 전제품보기 > NGS 관련 > Spatial analysis > Takara Trekker® Single-Cell Spatial Mapping Kit
True single cell 공간 분석 실현

Takara Trekker® Single-Cell Spatial Mapping Kit

-

제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)		 비고 사용자매뉴얼
Clontech
 SK017
 Trekker® U 10x10 Bundle
관련학술 구매하기 라이선스  		4회
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기 x352310, x357473
Clontech
 SK027
 Trekker® Q 10x10 Bundle
관련학술 구매하기 라이선스  		4회
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기 x352193, x357473
Clontech
 SK014
 Trekker® 5C 10x10 Bundle
관련학술 구매하기 라이선스  		4회
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기 x354749, x357473
Clontech
 SK031
 Trekker® 10x10 Training Kit Bundle V2
관련학술 구매하기 라이선스  		2회
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기 x352310, x352193, x354749
Clontech
 SK032
 Trekker® U Trial Kit
관련학술 구매하기 		4회
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기 x352310
Clontech
 SK033
 Trekker® Q Trial Kit
관련학술 구매하기 라이선스  		4회
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기 x352193
Clontech
 SK034
 Trekker® 5C Trial Kit
관련학술 구매하기 라이선스  		4회
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기 x354749
Clontech
 K011
 Trekker® Starter Kit Bundle (UV lamp)
관련학술 구매하기 라이선스  		1 kit
 가격문의   제조사 페이지로 바로가기

  • Broad Institute에서 개발된 Slide tags[1] 기술을 상용화한 true single cell spatial mapping kit
    [1] Nature Vol 625, pp. 101-109 (2024).
  • Fresh frozen (FF) 조직 샘플의 true single cell nuclei 공간 전사체 (Spatial transcriptome) 분석 시약
  • Single cell 분석 데이터에 위치 정보를 부여하여 해석
  • 세포 내 핵을 DNA barcode로 직접 tagging하는 방식으로 별도의 single cell segmentation 없이 정확한 공간해석 가능
  • 공간정보 부여 후 분리한 핵은 기존의 single cell 분석 시스템 워크플로우에 적용 가능 (Trekker® Kit별 적용가능한 후속 application 리스트)
  • 별도로 고가의 공간 해석 장치나 probe set 불필요: 종에 상관없이 분석 가능
  • Trekker® analysis pipeline 제공 - Trekker® Primary Analysis Pipeline, Secondary Data Analysis Workflow, Cloud Analysis of Seeker and Trekker Data
제품설명
Trekker®는 single cell 데이터에 위치 정보를 부여하여 해석이 가능하도록 개발된 true single cell spatial transcriptome 분석 시약이다.
본 제품은 tile이라 부르는 슬라이드 위에 DNA barcode가 결합된 bead (직경 10 ㎛)가 단층으로 배열되어 있다. 이 tile에 동결 절편 (fresh frozen tissue)을 올려 세포와 bead가 접촉하도록 하고, UV를 조사하여 bead로부터 분리된 DNA barcode가 세포의 핵에 침투 (tagging)하는 원리를 이용한다. 이후 핵을 분리하여 RNA sequencing (snRNA-Seq)을 실시하면, 각각의 핵에서 유래한 유전자 정보 및 위치 정보를 포함한 전반적인 해석이 가능하다.

Product features

Spatial resolution

True single-cell

Sample type

Fresh frozen tissues

Tile size

10 mm x 10 mm

Specialized capital equipment

None required

Required auxiliary equipment

Cryostat, single-cell sequencing platform, NGS sequencer

Workflow duration

1 hour upstream of single-cell workflow

Sensitivity

Dependent on the single-cell workflow of choice 


그림 1. Trekker® Workflow


그림 2. Trekker® U Kit를 사용한 embryonic day 11 (E11) 마우스 배아 유래 nuclei의 spatial mapping 결과
E11 마우스 배아의 25 μm 조직 절편으로부터 분리한 57,545개의 핵 (nuclei)을 대상으로, Trekker tile (10 mm x 10 mm)을 사용하여 공간 분석을 수행하였다. Panel A. Trekker®를 사용하여 제작한 nuclei 공간 (spatial) map. 각 점 (dot)은 single nucleus를 의미. Panel B. Panel A 조직 절편과 인접한 절편의 H&E staining 결과. Panel C. STalign (alignment tool)을 이용하여 H&E 결과와 alignment한 Trekker map. Panel D. Single cell RNA-seq 데이터로부터 도출된 UMAP plot. 각 점 (dot)은 Panel A의 점 (dot)과 1대1의 대응관계. Panel E. 5가지 유전자 (Gm3764, Rtn1, Cpox, Dnm3os, Gata3)의 spatial 발현 패턴을 H&E 결과 (Panel B)에 overlap한 spatial map.
내용
[Trekker® 메인 제품 구성품 정보]

제품코드

제품명

용량

SK017

Trekker® U 10x10 Bundle

4 회

구성품

Trekker® U 10x10 Tiles

4 Tiles

Trekker® Reagent Kit

4 Rxns

Trekker® 10x10 Tile Masking Sticker

6 Stickers

Trekker® 10x10 Wash Chambers

4 Each

Trekker® O Ring

6 O-Rings

SK027

Trekker® Q 10x10 Bundle

4 회

구성품

Trekker® Q 10x10 Tiles

4 Tiles

Trekker® Reagent Kit

4 Rxns

Trekker® 10x10 Tile Masking Sticker

6 Stickers

Trekker® 10x10 Wash Chambers

4 Each

Trekker® O Ring

6 O-Rings

SK014

Trekker® 5C 10x10 Bundle

4 회

 

Trekker® 5C 10x10 Tiles

4 Tiles

Trekker® Reagent Kit

4 Rxns

Trekker® 10x10 Tile Masking Sticker

6 Stickers

Trekker® 10x10 Wash Chambers

4 Each

Trekker® O Ring

6 O-Rings

※ Trekker® Starter Kit Bundle (UV lamp) (Code K011) 구매 필요. (최초 세팅 시 1회만 구매)

[Trekker® Training Kit 구성품 정보]
Trekker® Training Kit는 FF 조직 절편을 tile에 적용하고 nuclei dissociation 단계를 연습 및 평가할 수 있는 kit이다. (※ snRNA-seq 진행 불가)
이 training kit로 새로운 샘플에 대해 각 단계를 최적화할 수 있다.
(Trekker® Training Kit 매뉴얼은 각 메인 Trekker® kit 매뉴얼을 참고)

제품코드

제품명

용량

SK031

Trekker® 10x10 Training Kit Bundle V2

2회

구성품

10x10 Training Tiles

2 Tiles

Trekker® Reagent Box 1 V2

4 Rxns

Trekker® 10x10 Tile Masking Sticker

6 Stickers

Trekker® 10x10 Wash Chambers

4 Each

Trekker® O Ring

6 O-Rings

※ 이전 버전의 training kit (Trekker® 10x10 Training Kit Bundle, Code SK020)는 종매되었습니다.
※ Training kit 사용 시, Trekker® Starter Kit Bundle (UV lamp) (Code K011) 구매 필요. (최초 세팅 시 1회만 구매)

[Trekker® Trial Kit 구성품 정보]
Trekker® Trial Kit는 training tile과 Trekker® tile이 각각 2개씩 구성되어 있으며, 총 4회 반응을 위한 시약이 포함되어 있다. Training tile 2개로 Trekker® kit를 세팅하기 전 FF 조직을 tile에 적용하고 nuclei dissociation 단계를 연습 및 최적화할 수 있으며, 최적화된 protocol로 Trekker® Single Tile 2개를 사용하여 실제 spatial data까지 도출할 수 있다.
(Trekker® Trial Kit 매뉴얼은 각 메인 Trekker® Kit 매뉴얼을 참고)

제품코드

제품명

용량

SK032

Trekker® U Trial Kit

4 회

구성품

Trekker® U 10x10 Single Tile*

2 Tiles

10x10 Training Tiles

2 Tiles

Trekker® Reagent Kit

4 Rxns

Trekker® 10x10 Tile Masking Sticker

6 Stickers

Trekker® 10x10 Wash Chambers

4 Each

Trekker® O Ring

6 O-Rings

SK033

Trekker® Q Trial Kit

4 회

구성품

Trekker® Q 10x10 Single Tile*

2 Tiles

10x10 Training Tiles

2 Tiles

Trekker® Reagent Kit

4 Rxns

Trekker® 10x10 Tile Masking Sticker

6 Stickers

Trekker® 10x10 Wash Chambers

4 Each

Trekker® O Ring

6 O-Rings

SK034

Trekker® 5C Trial Kit

4 회

구성품

Trekker® 5C 10x10 Single Tile*

2 Tiles

10x10 Training Tiles

2 Tiles

Trekker® Reagent Kit

4 Rxns

Trekker® 10x10 Tile Masking Sticker

6 Stickers

Trekker® 10x10 Wash Chambers

4 Each

Trekker® O Ring

6 O-Rings

* 각 Trial Kit 내 Trekker 10x10 Single Tile은 2개씩 포함
※ Trial kit 사용 시, Trekker® Starter Kit Bundle (UV lamp) (Code K011) 구매 필요. (최초 세팅 시 1회만 구매)
Trekker® Kit별 적용가능한 후속 application 및 protocol

Applications and workflows

 

Application

Compatible single-cell or multiomic workflow

Compatible single nucleus capture and library preparation protocol

Compatible Trekker Tile

Spatial 3' gene expression

10x Chromium 3′ RNA, v3.1, v4

Trekker Library Preparation with 10x Chromium 3′ Reagent Kit Protocol-At-A-Glance

Trekker U

BD Rhapsody WTA

Trekker U Library Preparation with the BD Rhapsody WTA Kit Protocol-At-A-Glance

Trekker U

Illumina Single Cell 3’ RNA Prep

Trekker U Library Preparation with Illumina Single Cell 3’ RNA Prep Kits Protocol-At-A-Glance

Trekker U

Parse Evercode WT v3

Trekker Q Library Preparation with Parse Evercode WT v3 Kits Protocol-At-A-Glance

Trekker Q

Spatial 5' gene expression

10x Genomics Universal 5' Gene Expression

Trekker Library Preparation with 10x Chromium 5' Protocol-At-A-Glance

Trekker 5C

Spatial gene expression of FFPE tissues

10x Single Cell Flex Multiplex with Feature Barcoding

Trekker FX Single-Cell Spatial Mapping Kit User Manual

Trekker FX

Spatial gene expression with Trekker 5C and 10x Flex

10x Single Cell Flex Multiplex with Feature Barcoding

Trekker 5C Library Preparation with 10x Flex User Guide (User demonstrated)

Trekker 5C

Spatial immune profiling

BD Rhapsody Single-Cell TCR/BCR Next and mRNA Whole Transcriptome Analysis

Trekker U Library Preparation with BD Rhapsody TCRBCR Next and OMICs-One WTA Next User Guide  (User demonstrated)

Trekker U

Spatial epigenomics

BD Rhapsody Single-Cell ATAC-Seq and mRNA Whole Transcriptome Analysis 

Trekker U Library Preparation with BD Rhapsody Single-Cell ATAC-Seq and mRNA WTA Kit Protocol-At-A-Glance

Trekker U

10x Genomics Epi Multiome ATAC + Gene Expression

Trekker U Library Preparation with 10x Multiome Kit Protocol-At-A-Glance

Trekker U
샘플별 preparation 및 dissociation protocol

Tissue preparation and dissociation

Preserving and sectioning

Tissue type

Compatible protocol

Fresh frozen

For harvesting and preserving fresh tissue and cryostat sectioning

Trekker and Seeker Preserving and Sectioning Tissue Protocol-At-A-Glance

FFPE
[Trekker FX만 적용 가능]

For processing and sectioning formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) human and mouse tissue samples

See Section VI. of the Trekker FX Single-Cell Spatial Mapping Kit User Manual

Preparation

Tissue type

Compatible protocol

Standard protocol

For most nonfibrous mammalian tissues; recommended starting point for most optimizations

See Sections V.A-V.D of the appropriate Trekker user manual: Trekker U Single-Cell Spatial Mapping Kit User Manual
Trekker Q Single-Cell Spatial Mapping Kit User Manual
Trekker 5C Single-Cell Spatial Mapping Kit User Manual

Neuronal protocol

For myelin protein removal from neuronal tissues where myelin fibers are seen in debris outside nucleus

Trekker Neuronal Tissue Dissociation Protocol-At-A-Glance

Alternative protocol for difficult-to-dissociate tissues

For tumor tissues, many fibrous tissues, including cardiac and skeletal muscle, or any tissues that are difficult to dissociate with the standard protocol

Trekker Tissue Dissociation for Difficult-to-Dissociate Tissue Types Protocol-At-A-Glance

Standard protocol for use with Precision Cell Systems Singulator platform Broad tissue compatibility supported by the automated Precision Cell Systems Singulator platform for nuclei isolations Trekker Tissue Dissociation with the Singulator Protocol-At-A-Glance
관련 제품
- FFPE 조직으로부터 true single cell 공간 분석이 가능한 Trekker kit: Takara Trekker® FX
- 별도의 전용 기기 없이 whole transcriptome 공간 분석을 위한 reagent kit: Takara Seeker® kit


Keyword :
Spatial analysis
>
전용 장치 없이 whole transcriptome 공간 분석
Takara Seeker® Spatial Transcriptomics Kit
>
FFPE 조직의 true single cell 공간 분석 실현
Takara Trekker® FX
>
True single cell 공간 분석 실현
Takara Trekker® Single-Cell Spatial Mapping Kit