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Home > 전제품보기 > NGS 관련 > NGS Library 정량 > 16S DNA Quantitative Standard for Microbiome
Microbiome NGS 분석용 spike-in standard DNA

16S DNA Quantitative Standard for Microbiome

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제조사 제품코드 제품명 용량 가격
(부가세별도)		 비고 사용자매뉴얼
Takara
 NN0002
 16S DNA Quantitative Standard for Microbiome
관련학술 구매하기 		200회
 1,008,000원  NN0002_e.v2511w.pdf

  • 12가지 16S rRNA 유전자 인공서열 (ribosomal DNA, rDNA) standard mix
  • 다양한 생체 시료에 spike-in 가능
  • Spike-in을 통해 기존 마이크로바이옴 분석에 정량분석 추가 가능
  • 시험 디자인의 성능 평가 및 시험별 정확도 관리에 최적
제품 설명
16S DNA Quantitative Standard for Microbiome은 NGS에서 사용하는 16S rRNA microbiome 정량 분석을 위한 인공 핵산 standard이다. 16S rRNA 유전자를 코딩하는 가변영역 (V1~V9)이 12가지의 서로 다른 인공 서열로 디자인된 ribosomal DNA (rDNA)가 각각 일정한 copy 수로 혼합되어 있다. 자연계에 존재하지 않는 인공 서열을 사용하기 때문에 어떤 분석 시료에 spike-in해도 분석에 영향을 미치지 않으며, 다양한 생체 시료에 적용이 가능하다.
본 제품을 분석 시료 DNA에 spike-in하여 16S rRNA NGS 분석을 실시하고, x축에 각 standard 서열의 이론적인 16S rDNA copy 수, y축에 각 standard 서열의 read 수를 그래프화하여 검량선을 작성함으로써 기존의 16S rRNA NGS 분석에서는 어려웠던 마이크로바이옴의 절대정량이 가능하다. 또한 본 제품을 대조군으로 사용하여 시험 디자인의 성능 평가 및 시험별 정확도 관리에 활용할 수 있다.


그림 1. 서로 다른 copy 수로 혼합된 12가지 인공 서열 (16S rDNA) standard
(A) 가변영역에는 디자인된 인공서열을, 보존영역에는 16S rDNA의 서열을 포함한다. 따라서 보존영역을 디자인한 프라이머로 미생물이 가지고 있는 16S rDNA 서열과 본 standard의 16S rDNA 서열을 동시에 증폭할 수 있다. (B) 16S DNA Quantitative Standard (1.3×108 copies/㎕*)의 조성을 나타낸 표.
*12가지 16S rDNA 인공서열의 전체 copy 수


그림 2. 본 제품을 이용한 마이크로바이옴 절대정량 분석 워크플로우
실험 예

그림 3. 16S rRNA 마이크로바이옴 상대정량과 절대정량 결과 비교

(A) 16S rRNA 서열 분석 시 기존에는 상대정량만 할 수 있었지만, 본 제품을 spike-in하면 시료 내 미생물 copy 수의 절대정량이 가능하다. 전체 마이크로바이옴에서 차지하는 미생물의 존재 비율이 같더라도 copy 수가 다를 수 있으며, 이를 정량화하면 미생물의 많고 적음을 알 수 있다. (B) 16S rRNA 절대정량에서는 특정 미생물의 존재 비율에 영향을 받지 않고 각 미생물의 copy 수를 계산할 수 있다.


그림 4. 본 제품을 spike-in 했을 때 시료에 미치는 영향
인간 분변 DNA에 본 제품을 spike-in한 시료와 spike-in 하지 않은 시료를 template로 사용하여 16S (V3-V4) Metagenomic Library Construction Kit for NGS (Code R161A)로 library를 제작하고, NextSeq 2000을 사용하여 시퀀싱하였다. Spike-in 유무에 따른 미생물 존재 비율에 대한 피어슨 상관계수 값은 0.99로, 본 제품을 spike-in하여 사용해도 시료에 아무 영향이 없음을 확인하였다.
내용 (200회)

16S DNA Quantitative Standard

1.3×108 copies/㎕

20 ㎕

16S DNA Dilution Buffer

 

300 ㎕
보존 －20 ℃

Keyword :
NGS Library 정량
>
Illumina용 NGS Library 정량 키트
Library Quantification Kit (for Illumina)
>
Microbiome NGS 분석용 spike-in standard DNA
16S DNA Quantitative Standard for Microbiome