- Fresh frozen tissue로부터 whole transcriptome 공간 분석
- DNA barcode가 붙어있는 bead로 mRNA를 캡처하여 분석
- 단일 세포에 가까운 해상도로 모든 유전자 분석 가능
- 공간 분석을 위한 전용 현미경이나 probe set 불필요
- Broad Institute에서 개발된 Slide-seq v2[1][2] 기반
[1] Science Vol 363, Issue 6434 pp. 1463-1467 (2019)
[2] Nature Biotechnology Vol 39, pp. 313-319 (2021).
제품설명
Seeker™ Spatial Transcriptomics Kit는 단일 세포에 가까운 해상도로 whole transcriptome 공간 (spatial) 분석이 가능하도록 개발된 시약이다.
본 제품은 위치정보를 나타내는 DNA barcode가 결합된 직경 10 μm의 bead가 Tile slide에 배열되어 있고, 이 Tile slide 위에 동결 (fresh frozen) 절편을 올려 mRNA를 캡처하여 분석한다. mRNA가 캡처된 bead를 회수하여 위치 정보를 포함하는 cDNA library를 제작하고, Illumina 시퀀싱 후 Seeker 전용 소프트웨어로 고해상도 공간 유전자 발현 map을 제작할 수 있다.
Poly A를 가지고 있는 whole transcriptome의 NGS 분석이 가능하므로, 사람, 마우스 등 진핵생물에 적용할 수 있다. 또한, 별도의 특수 기기를 사용하지 않으므로 일반 분자생물학적인 지식만 있으면, 본 제품을 이용하여 whole transcriptome의 공간분석이 가능하다.
목적에 따라 3mm x 3mm 또는 10mm x 10mm tile 크기를 선택하여, 필요한 크기만큼의 조직을 분석할 수 있으며, 제품 내에 RNA hybridization, cDNA synthesis, cDNA amplification에 필요한 모든 시약이 포함되어 있어, Illumina platform에 적용할 수 있는 높은 퀄리티의 cDNA를 하루만에 제작할 수 있다. (Library 제작 시, Nextera XT Library Prep Kit (Illumina, Code FC-131-1024) 및 Seeker Dual Indexing Primer Kit (Code K006) 별도 구매 필요).
10mm x 10mm tile 사용 시, Seeker Reaction Chamber Adapter (Code TJ002)를 이용하여 일반 PCR 기기에서 반응할 수 있다 (3mm x 3mm tile에는 불필요).
그림 1. Simple & single-day workflow
Seeker™ Tile Slide에 fresh frozen 조직 절편을 올리면, 위치정보가 indexing된 bead에 mRNA가 캡처된다. Indexing 된 bead를 회수하여 cDNA 합성 및 NGS library 제작 후 시퀀싱한다. 생성된 FASTQ 파일은 Seeker Analysis Pipeline에 의해 분석하여 조직 절편의 whole transcriptome spatial map을 제작할 수 있다.
정보
Features |
Seeker 3x3 kit |
Seeker 10x10 kit |
Plex |
Whole transcriptome |
Resolution |
10 μm |
Special capital equipment |
None required |
Sample type |
Fresh frozen |
Analysis software included |
Seeker bioinformatics pipeline |
Tile size |
3 mm x 3 mm |
10 mm x 10 mm |
Duration/hands-on time |
8 hr/2.5 hr |
8 hr/2.5 hr |
Recommended sequencing depth |
400 M |
2 B |
Required components |
Seeker 3x3 Bundle V1.1
Seeker Dual Index Primer Kit v2 |
Seeker 10x10 Bundle
Seeker Dual Index Primer Kit v2
Thermal Cycler Adaptor |
Application 예시
관련 제품
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